Por volta de 1754, os espanhóis continuavam penetrando a parte Oeste do Amazonas, o que veio a preocupar o governo colonial português. No Iça, com a ajuda dos franciscanos, eles já tinham fundado algumas aldeias, e tentaram a criação de um forte na boca do rio Solimões. O rio até então pertencia a Espanha, pelo Tratado de Madrid, mas os espanhóis queriam a qualquer custo reconquistar as posições perdidas por incúria do Tratado de 1750.
Em 1766, abandonaram o forte, e foram para o Napo, face as dificuldades de comunicações com o Posto de Papian, e plo rigor do clima. Em 1768, o posto que fora abandonado pelos espanhóis, foi ocupado pelos soldados da Capitania portuguesa, isso por ordem do governador paraense Fernando da Costa de Ataíde Teive, e ficou sendo chamado de Forte de São Fernando do Içá.
Mais tarde, seguram novas expedições, quando a capitania era governada pelo Coronel Joaquim tinoco Valente, o governador do Grão Pará, era João Pereira Caldas, que também era militar, o ouvidor era Xavier de Sampaio. O comandante das expedições de guerra contra os invasores era o Capitão Felipe Sturn.
Em 1 de outubro de 1777, Portugal e Espanha concordaram novamente os aspectos dos limites nas colônias na América, com o Tratado de Santo Idelfonso, mantendo o tratado de 1750. Nesse tratado, os limites da Amazônia, vinha do Rio Madeira ao médio Rio Mamoré, até a foz do Rio Madeira, e na reta à margem do rio Javari, atalhando ao rio Solimões.
O primeiro vilarejo de Tonantins se formou com a vinda do missionário Carmelita Frei Matias Diniz, sendo habitado por índios Caiuvicenas que foi assassinado pelos próprios índios da aldeia, chamado de Tonantins velho, onde hoje é conhecido como bairro de São Francisco.
O vilarejo veio a renascer entre os anos de 1774/1775, por um Senhor chamado Sampaio, reunindo consigo índios das tribos Caiuvicenas, Passés e Tikunas. E ao longo sendo catequizados pelos frades que vinham por meio de expedições, construindo assim igrejas e uma escol.a